########################################################################################## # COMMUNITY ECOLOGY PRACTICAL (Anna Norberg & Nerea Abrego) ########################################################################################## # 1 Data ########################################################################################## #data("dune") #data("dune.env") ?rda dune.pa<-(dune>0)*1 dune.env dune.env.samp<-dune.env[,1:3] dune.env.samp[,2]<-as.numeric(dune.env.samp[,2]) # 2 Ordinations ########################################################################################## # 2.1 Non-metric multidimensional scaling #=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= # presence-absence data nmds.dune<-metaMDS(dune.pa, distance="bray") plot(nmds.dune, type = "t", main = "NMDS plot for presece-absence data") # abundance data nmds.dune<-metaMDS(dune, distance="bray") plot(nmds.dune, type = "t", main = "NMDS plot for abundance data") # 2.2 Redundancy analysis #=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= dune.rda<-rda(dune.pa~.,dune.env.samp, distance="bray") par(mfrow=(c(1,2))) plot(dune.rda,main = "RDA plot for presence-absence data") plot(dune.rda,main = "RDA plot for presence-absence data",display ="species") dune.rda # testing for significance anova(dune.rda, by="term", permutations=499) ##########################################################################################